До складу рыбопромышленного комплексу входять науково-дослідні, проектно-конструкторські організації, КГТУ, Всеросійський інститут підвищення квалификациии, Балтійська державна академія рыбопромышленного флоту, морський коледж Калінінграда і мореплавна школа. У Калінінграді на початок 1990 років було сконцентровано близько 40% науково-технічного потенціалу рибної галузі колишнього СРСР. У вищих і середніх учбових закладах виучувалося більше 5000 студентів і курсантів по 12 спеціальностям.
Вихід з кризисного стану рыбопромышленного комплексу області має найважливіше значення для всієї економіки регіону. Практично належить заново створити нову структуру рибної галузі, объеденив рыбодобывающие і рыбоперерабатывающие підприємства, підприємства судноремонту, берегової інфраструктури, а також організувати централізований збут продукції і сформувати єдину політику розвитку рибної промисловості в регіоні. Нові підприємства комплексу будуть, безумовно, формуватися в умовах подальшого реформування економіки. Багато великотоннажних суден необхідно замінити на судна малого флоту з тим, аби вести видобуток риби, морепродуктів в найближчих промислових районах і на Балтіке. Неминучі відповідні зміни і на крупних рыбоперерабатывающих берегових підприємствах, а також в інших організаціях комплексу. При цьому розраховувати на крупні фінансові централізовані ресурси не доводиться.
3.2 Транспортний комплекс
Географічне положення області Калінінграда зумовило розвиток транспортного комплексу, який представлений морським, річковим, залізничним, автомобільним і повітряним транспортом з відповідною інфраструктурою. У регіоні морські, внутрішні водні і сухопутні транспортні артерії об’єднані в єдину систему.
З геополітичних позицій основу транспортного комплексу складають морські порти. З розпадом СРСР поза Росією виявилися сучасні перевантажувальні комплекси, які будувалися в розрахунку перш за все на обслуговування російських зовнішньоторговельних вантажів (Новоталлінський і Ризький морські порти, Вентспілський нафтохімічний перевантажувальний термінал).
Найважливішою особливістю морських портів області є те, що вони є незамерзаючими, у зв’язку з чим можуть приймати і обробляти різні судна в перебігу всього року. Крім того, порти області порівняно з іншими російськими портами маються в своєму розпорядженні ближчим до країн Західної Європи. До несприятливих обстоятиельтвам використання і розвитку морських портів області відноситься необхідність подальшого транзиту оброблюваних вантажів через територію інших держав (Литви і Білорусії) з витікаючими з цього особливостями митного і транспортного оформлення на залізничному і автомобільному транспорті.