Проблеми розвитку регіону розділяються на три основні групи:
перша група – загальноекономічна проблеми, висока інфляція економіки, значний податковий прес, низька державна інвестиційна активність, зниження життєвого рівня, розшарування громадян по рівню доходів, безробіття.
друга група – загальні регіональні проблеми, які пов’язані з геополітичним положенням області
третя група – проблеми конкретних підприємств і організацій:  зношеність основних виробничих фондів, дефіцит фінансових ресурсів, відірваність від основних постачальників і споживачів.
Головною причиною критичного стану економіки регіону став обвальний спад виробництва, який як і раніше продовжується в провідних галузях економіки. На 1996 рік спад в цілому в промисловості склав 9%, в машинобудуванні – 15%, в легкій промисловості – 29%, харчовий – 30%, виробництві будматеріалів – 26%.  Потенційну загрозу економіці представляє руйнування науково-технічного потенціалу.
Найбільшу загрозу для економіки представляє прогресуюча кримінальна економіка, яка виражається головним чином в ухиленні від сплати податків.
У червні 1991г. Головою Верховної Ради РРФСР приймається розпорядження « Про господарсько-правовий статус вільної економічної зони в області Калінінграда» (СЕЗ). Відповідно до розпорядження області Калінінграда надається статус СЕЗ «Янтар» з пільговим податковим і митним режимом, спрощеним порядком здійснення експортно-імпортних операцій і створення іноземних і спільних підприємств.
Мета створення СЕЗ «Янтар» – це прискорення вирішення завдань соціально-економічного розвитку, підвищення життєвого рівня населення, забезпечення сприятливих умов для залучення іноземного капіталу, розвиток виробництва експортної і імпортної продукції.
Підприємства, що створюються в СЕЗ «Янтарь» за участю іноземних інвестицій, реєструються Комітетом з розвитку СЕЗ «Янтар». Іноземним інвесторам гарантується право перекладу за кордон отриманою ними іноземної валюти після сплати податків. Товари, що експортуються, вироблені на території СЕЗ «Янтар», і товари, що імпортуються, використовувані для виробництва продукції і реалізації на території СЕЗ, звільняються в установленому порядку від сплати митного збору.
Фінансування розвитку об’єктів соціальної і виробничої інфраструктури може здійснюватися за рахунок бюджетних позик, що надаються на пільгових умовах.