Після кризи 17 серпня до фінансових проблем СЕЗ додалася також проблема довіри до державних гарантій кредитів, що надавалися, проблема кредитоспроможності вітчизняних фінансових інститутів.
Окрім программно-целевых і фінансових, у ряді загальних для всіх СЕЗ соціально-економічних проблем слід виділити:
нерозвиненість інфраструктури і промисловості;
розривши і перерозподіл господарських зв’язків підприємств, відсутність захисту вітчизняних товаровиробників на міжнародному ринку з боку держави;
наявність на дороги розвитку вільного підприємництва перепон бюрократичного і кримінального характеру, у тому числі коррупционированность чиновників;
проблема рівня кваліфікації російських кадрів, як робітників, так і управлінських, проблема відсутності досвіду;
одна з найважливіших проблем, що визначають, – проблема довіри до влади.
При перерахуванні соціально-економічних проблем російських СЕЗ не слід забувати і про те, що в кожної зони є також власні, індивідуальні, які, втім, перекликаються як із загальними для всіх СЕЗ, так і із загальнодержавними. Проблема високих транспортних витрат є загальною для СЕЗ області Калінінграда і Знахідки з причини їх певного географічного положення. При цьому вона безпосередньо залежить від загальнодержавної проблеми високих тарифів на транспортні перевезення. Серед індивідуальних проблем можна відзначити також дефіцит енергоносіїв в деяких СЕЗ, недостатність власної сировинної бази, економічні проблеми крупних градоутворювальних підприємств, неконкурентоспроможність вітчизняних товарів в умовах безмитного імпорту і багато інших.
3.3. Геополітичні проблеми.
Позначений спектр проблем, супроводжуючий розвиток і функціонування СЕЗ в Росії був би неповним без згадки про їх геополітичний аспект. Враховуючи нестабільність політичної обстановки, як усередині країни, так і за її межами, є підстави для зведення таких проблем в число ведучих.
Серед таких проблем слід виділити проблему політичної стабільності, спадкоємності політико-економічних рішень, узгодженість в діях властей всіх рівнів. Багаточисельні непослідовні правові рішення по СЕЗ мали безперечну політичну підоснову боротьби різних владних угрупувань, що не могло не позначитися негативно на розвитку зон. Боротьба за розширення регіональних пільг в збиток іншим суб’єктам Федерації позначилася на зростанні сепаратистських настроїв, нагнітанні напруженості у відносинах між центром і регіонами.